Isenthal se trouve dans le canton d'Uri, sur le côté ouest du lac d'Uri, la partie sud-est du lac des Quatre-Cantons. La vallée boisée de Grosstal est traversée ici par l'Isentalerbach. Le Chlitalerbach se jette dans la centrale électrique de Kleintal et à partir de là, la vallée s'appelle Isental. La commune d'Isenthal se situe entre Wolfenschiessen, Engelberg et le lac d'Uri. De grandes zones d'alpage font partie de la commune. Le lieu le plus élevé est Gitschenen (à 1550 mètres d'altitude). La région est connue pour ses paysages intacts, ses alpages entretenus avec amour et ses denses forêts de montagne.
